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本處隸屬於臺北市政府產業發展局,為本府二級機關,置處長、副處長、秘書各1人及技正2人,下設4組1隊1室、主計機構、人事機構,組織架構圖如下:

組織架構圖

處長  副處長  技正  秘書  防疫檢驗組  動物管理組  動物收容組  產業保育組  動物救援隊  秘書室  主計機構  人事機構

處本部包含處長、副處長、秘書、技正(2人)、組員、技工共7人。
本處各單位職掌(預算員額數)如下:

一、防疫檢驗組(8人):畜禽飼養登記、畜牧場登記、動物傳染病防治、疑患傳染病動物之處理、疫情調查、衛生保健、人畜共通傳染病檢驗、獸醫公共衛生檢驗研究、寵物食品檢驗及動物虐待傷害鑑定、動物用藥品輔導管理、動物飼料輔導管理、寵物食品衛生安全管理等事項。
二、動物管理組(13人):動物保護政策規劃、擬定及執行,獸醫業務管理、寵物登記及生育控制、飼主責任教育及宣導、經濟動物運送管理、實驗動物管理及寵物屍體焚化服務等事項。
三、動物收容組(14人):流浪動物及野生動物之收容、認領、認養、絕育、救傷醫療及管理,動物收容處所管理及生命教育推廣等事項。
四、產業保育組(10人):寵物產業發展策略規劃與分析,寵物繁殖、買賣、寄養、租賃、保管、展示、訓練、殯葬等寵物產業輔導管理、法定消費者保護業務、自然公園經營管理及野生動物保育管理等事項。
五、動物救援隊(20人):流浪動物與野生動物救援、捕捉及管制,動物保護法、野生動物保育法案件查察取締及違規寵物業查察取締等事項。
六、秘書室(10人):文書、事務、出納、檔案管理、綜合管考、研究發展、推動為民服務、法制業務、資訊管理及不屬於其他各組室等事項。
七、主計機構(2人):依法辦理歲計、會計及統計事項。
八、人事機構(2人)依法辦理人事管理事項。