本處隸屬於臺北市政府產業發展局,為本府二級機關,置處長、副處長、秘書及技正,下設4組1隊1室、主計機構、人事機構,組織架構圖如下:
處本部包含處長、副處長、秘書、技正、組員、技工。
本處各單位職掌如下:
一、防疫檢驗組:畜禽飼養登記、畜牧場登記、動物傳染病防治、疑患 傳染病動物之處理、疫情調查、衛生保健、人畜共通傳染病檢驗、 獸醫公共衛生檢驗研究、動物用藥品輔導管理、動物飼料輔導管理、獸醫師登記及獸醫診療機構管理等事項。
二、動物管理組:動物保護政策規劃及執行、寵物登記及生育控制、動物福利與飼主責任促進、動物保護生命教育推廣、寵物繁殖、買賣、寄養、食品、新興產業管理、動物展演管理及相關消費者保護業務等事項。
三、動物收容組:流浪動物收容及管理、動物收容處所管理及動物屍體焚化服務等事項。
四、產業保育組:自然公園經營管理及野生動物保育、生物多樣性及野生動物收容管理等事項。
五、動物救援隊:流浪動物與野生動物救援、捕捉及管制、街犬貓管理、動物保護、動物保育相關法規案件查察取締、經濟動物運輸、動物科學應用人道管理與機構查核及動物虐待傷害鑑識等事項。
六、秘書室:文書、檔案、出納、總務、財產之管理與資訊、法制、公關、研考等業務及不屬於其他各單位事項。
七、主計機構:依法辦理歲計、會計及統計事項。
八、人事機構:依法辦理人事管理事項。